制氮机主要用于医药生产、储藏与保鲜、封装、包装、医药输送气氛等。通常制得的氮气还要通过除菌、除尘、除水等处理，以满足该行业的特殊要求及普遍应用。药用制氮机与其他氮气设备不同的是因医药行业国际标准GMP标准规定，与药品或药液接触的部分均采用不锈钢材质及除菌方面的要求，设备需要采用不锈钢材质，设备氮气出口部位加装除菌过滤器装置。也因为药厂对设备的总体要求高，通常会有高端配置。

其他还有原料药制造厂，也需要氮气保护，其用氮工艺更象精细化工厂的用氮方式。通常纯度为99-99.9%，但视工厂规模不同而用量有区别，但相对药用制氮机的用量要大很多。